Les données de séquence du virus de la COVID-19 doivent être mises en ligne rapidement et être accessibles librement

Avis commun Académie des sciences - Académie nationale de médecine - Paris, le 3 novembre 2020

Lors d’une épidémie, les données permettant de comprendre la biologie du pathogène et son évolution sont essentielles pour la compréhension de sa propagation et son contrôle. Ceci est particulièrement crucial en situation d’urgence sanitaire mondiale telle que la pandémie de SARS-CoV-2.

Les virus changent en permanence, avec l’acquisition de changements mineurs de leur séquence génomique à mesure qu’ils se multiplient et infectent de nouveaux individus. Ces petites modifications peuvent être mises à profit pour tracer la diffusion du virus dans l’espace et le temps, et ainsi aider les autorités de santé publique à comprendre comment le virus se propage et mesurer l’efficacité d’interventions à une échelle très locale (e.g. un service hospitalier) ou plus large (régionale ou internationale). La prévision du développement d’une épidémie passe aussi par l’étude de l’apparition de variants du virus et de potentielles modifications de sa virulence (ou atténuation) et de sa transmissibilité. Enfin, lorsque que des traitements antiviraux ou vaccins sont disponibles, ces données de séquence du virus sont importantes pour s’assurer que ces interventions sont adaptées aux variants du virus en cours de circulation.

Il est donc crucial d’avoir accès à TOUTES les séquences détectées du virus de la COVID-19 accompagnées de "métadonnées" extensives (date, lieu, âge du patient, sexe,...), le plus rapidement possible, et idéalement en temps réel. [...]